In 1578 bouwde Andreas de Mare een orgel voor de kerk van Zuidbroek.Udo Evers herstelde dit instrument in 1624. In de eerste helft van de achttiende eeuw werd het onderhouden door Matthias Amoor. Albertus Anthoni Hinsz maakte een bestek voor de bouw van een groot, nieuw instrument met een hoofdwerk, een rugwerk en een vrij pedaal. Het document is ongedateerd, maar moet van vóór 1785 zijn, het jaar waarin Hinsz overleed. In 1792 gaven de kerkbestuurders uiteindelijk aan de compagnons Frans Caspar Schnitger jr. (1724–1799) en Heinrich Hermann Freytag (1759–1811) de opdracht een nieuw orgel te maken. Met de bouw daarvan werd begonnen in 1793 en in januari 1795 keurde organist J.H. Tammen het voltooide instrument. De bouwkosten bedroegen 7.000 gulden. Het gerealiseerde orgel week slechts in detail af van het bestek van Hinsz. Alleen de vormgeving van de kas, die sterk beïnvloed werd door de Lodewijk XVI-stijl met zijn classicistische trekken, betekende een breuk met de traditie van de school van Schnitger en Hinsz.
Ruim een halve eeuw bleef het orgel onaangetast tot Petrus van Oeckelen in 1853 herstelwerkzaamheden uitvoerde. Bij die gelegenheid veranderde hij de dispositie. Op het Rugwerk werd de Gedektquint 3’ vervangen door een Viola di Gamba 8’; de Octaaf 2’ werd opgeschoven tot een Terts 1 3/5’; de Sexquialter maakte plaats voor een Flageolet 1’. De Roerquint 6’ van het Pedaal schoof Van Oeckelen op tot Bourdon 8’.
In 1884 werkte de firma P. van Oeckelen en Zonen aan het orgel. De prestantregisters werden in dat jaar van zijbaarden voorzien en ze kregen een andere steminrichting. Op enig moment werden in het groot octaaf van de Bazuin tinnen schachten aangebracht en schoof men de bekers van de registers Bazuin 16’, Trompet 8’ en Cornet 4’ van het Pedaal en de Trompet 8’ van het Hoofdwerk een halve toon op. Voor de grootste pijpen werden nieuwe bekers gemaakt.
In 1973 werd de Gedektquint 3’ van het Rugwerk gereconstrueerd door pijpen van de Viola di Gamba uit 1853 in te korten en van hoeden te voorzien en aan te vullen met pijpwerk van Van Oeckelen dat van elders betrokken werd. Het orgel liep inmiddels grote schade op: door het vochtige klimaat van de kerkruimte sneuvelde menig onderdeel van de kassen en ook de claviatuur raakte zwaar onttakeld, zodat het instrument ten slotte onbespeelbaar werd.
In 1986 werd Jan Jongepier als adviseur aangetrokken en twee jaar later zag een restauratieplan het licht. Noodzakelijk herstel van de kerk kreeg echter voorrang. In het kader daarvan ruimden Winold van der Putten en Berend Veger in 1997 het pijpwerk af en sloegen dat op op de galerij van de kerk van Noordbroek. Bij de kerkrestauratie kreeg het Zuidwoldse interieur een deel van zijn bepleistering terug, die in 1937 – tot schade van de akoestiek – was verwijderd. Na de voltooiing van de restauratie van het gebouw in 2000 kon men aan de slag met het herstel van het orgel.
In 2003 bracht Van der Putten een deel van het pijpwerk van Noordbroek weer terug naar de kerk van Zuidbroek en een deel naar Orgelmakerij Bakker & Timmenga in Leeuwarden, die inmiddels de opdracht tot uitvoering van de restauratie had gekregen. De officiële opdracht voor herstel van met name het Hoofdwerk kon in het voorjaar van 2005 verstrekt worden.
Toen er niet lang daarna toezegging van financiële steun kwam, werd herstel van het hele orgel onder handen genomen. De werkzaamheden duurden tot en met september 2007. Op 5 oktober 2007 werd het orgel weer in gebruik genomen.
Het orgelmeubel is in volle glorie hersteld. Daartoe werden de in de loop van vele jaren losgeraakte en verzamelde onderdelen weer op hun oorspronkelijke plaats aangebracht en ontbrekende delen bijgemaakt. Een deel van dit werk is gedaan door houtsnijder en beeldhouwer Tico Top uit Kruisweg. De kassen zijn opnieuw in de was gezet. Van de claviatuur en lessenaar is het verdwenen inlegwerk aangevuld en zijn ontbrekende toetsfrontons in ivoor bijgemaakt; een manuaal heeft nu volledig nieuwe, het andere oude frontons. De metalen nageltjes waarmee het toetsbeleg oorspronkelijk was bevestigd, hadden roestvlekken veroorzaakt in het ivoor (zie foto linksonder). Er zijn niet opnieuw nageltjes aangebracht om verdere cosmetische schade te voorkomen; de overgebleven gaatjes zijn gevuld. In verband met de reconstructie van de dispositie zijn gewijzigde opschriften op de registerplaatjes hersteld.
De balgen, kanalen, afsluitingen en tremulanten zijn volledig gerestaureerd en er werd een nieuwe windmotor geplaatst. De windladen zijn uit elkaar genomen en de sponsels op verlijming gecontroleerd en waar nodig opnieuw ingelijmd; gescheurde sponsels zijn met spieën gedicht. De bovenzijde van het cancellenraam is doorgaand beleerd. Op sommige plaatsen zijn dilatatievoegen aangebracht om het hoofd te kunnen bieden aan ongunstige klimaatomstandigheden. Met het oog daarop zijn op de bovenzijde van de cancelafdichting en aan de onderzijde van de pijpstokken textielen ringen gelijmd.
Ten behoeve van de reconstructie van de dispositie zijn de betreffende pijpstokken en -roosters hersteld. De speelmechaniek is schoongemaakt, nagezien en opnieuw afgeregeld; de registermechaniek is ter plekke hersteld.
Alle pijpwerk is schoongemaakt. De frontpijpen zijn gepoetst en de labia daarvan zijn voorzien van nieuw bladgoud. De schade aan pijpvoeten door de inwerking van looizuur uit het houtwerk, is ongedaan gemaakt.
De negentiende-eeuwse zijbaarden zijn verwijderd en het pijpwerk kreeg zijn originele steminrichtingen terug. Losse exemplaren van de verschoven tongwerkbekers van de tonen C-g van de Trompet 8’ van het Hoofdwerk zijn op hun oorspronkelijke stevels gezet en een nieuwe beker gemaakt voor g. Bij de overige bekers is de status quo gehandhaafd om het aangetaste beeld niet nog eens te veranderen. Dat geldt ook voor de Bazuinbekers die door Van Oeckelen van schachten waren voorzien.
De dispositie is hersteld in de situatie van 1795. De mensuur van het Van Oeckelen-pijpwerk dat in de jaren zeventig van de vorige eeuw gebruikt was voor de reconstructie van de Gedektquint van het Rugwerk, sloot goed aan bij de berekende maatvoering van het oorspronkelijke register.
De aangetroffen toestand is daarom gehandhaafd, alleen een klein deel van het register dat van moderne makelij was, werd vervangen. De samenstelling is nu als volgt: C-gº pijpen Van Oeckelen (oorspronkelijk Viola di Gamba), gisº-h¹ nieuw, gedekt pijpwerk en c²-e³ originele openfluiten Van Oeckelen. De Terts 1 3/5’ van het Rugwerk is teruggeschoven tot Octaaf 2’. Van dit register zijn de tonen Dis, F-f¹, gis¹-dis², f²-cis³, dis³ en e³ origineel; ontbrekende tonen zijn nieuw gemaakt. In de Terts werden nog vijf pijpjes gevonden van de oude Sexquialter. Op basis van dit pijpwerk en de nog aanwezige stok van 1795 kon dit register gereconstrueerd worden.
Vanaf toets C heeft dit register een 1 1/3- en een 4/5-koor en vanaf c1 een 2 2/3-, 2- en een 1 3/5-koor. De Flageolet 1’ van Van Oeckelen vond een nieuw onderkomen op het Bovenwerk van het Van Oeckelenorgel in Usquert (1852). Het Pedaal herkreeg zijn Roerquint 6’ door het pijpwerk van de Bourdon 8’ weer terug te schuiven en van roeren te voorzien.
De ontbrekende pijpen gis-d¹ zijn nieuw gemaakt.
Bestudering van het pijpwerk liet zien dat de klank in tweehonderd jaar nauwelijks veranderingen had ondergaan. Op basis van het oude balggewicht kwam men uit op een winddruk van 70 mm, eenzelfde als die van het Freytag-orgel in Bellingwolde. Bij de afwerking van de klank is men terughoudend te werk gegaan.
