Veel organisten in grote Noord-Duitse stadskerken improviseerden in de diensten, maar ten behoeve van niet-improviserende orgenisten werden composities ook op schrift gesteld. Er is weinig met zekerheid te zeggen over de relatie tussen Buxtehudes improvisaties en zijn uitgeschreven composities. Dat Buxtehudes orgelwerken (mede) voor liturgisch gebruik bedoeld zijn, is vrijwel onomstreden. Er bestaat echter onenigheid over de vraag hoe de composities binnen de liturgie gebruikt zijn. Op basis van gegevens uit kerkorden en twee orden van dienst uit Hamburg 1607 en Danzig 1705 kan vermoed worden dat niet-koraalgebonden muziek als postludia van de dienst gebruikt is. Het is de vraag of Buxtehudes koraalbewerkingen functioneerden als voorspelen; ze kunnen ook als orgelverzen in een alternatim-praktijk gefungeerd hebben. De grote koraalfantasieën kunnnen geklonken hebben tussen de evangelielezing en de preek. Ook zouden ze gebruikt kunnen zijn als musica sub communione, maar de aan de composities ten grondslag liggende koralen zijn zelden specifiek communieliederen. Er bestaat geen bron waaruit blijkt dat de koraalfantasieën in de Abendmusiken gespeeld zijn.