Op 17 december 1999 nam de Gemeente Groningen het besluit de reeds verleende vergunning voor het wijzigen van het hoofdorgel in de Der Aa-kerk (Schnitger 1702, Timpe 1815 en 1831, Van Oeckelen 1858) te handhaven. In 1977 demonteren de orgelmakers Taylor en Boody het orgel wegens instortingsgevaar van de kerk. In 1990 herplaatst de firma Gebr. Reil het instrument. In 1993 dient eigenaar Stichting Der Aa-kerk Groningen een restauratieplan in bij de gemeente. De Rijksdienst voor de Monumentenzorg adviseert de gemeente de benodigde wijzigingsvergunning te verlenen onder enkele voorschriften. In 1995 dient de stichting een plan in; het uitgangspunt is dat het orgel bewaard dient te blijven zoals het is. Bij de demontage van het orgel in 1997 blijkt de constructieve situatie slecht te zijn. De stichting dient een wijzigingsvoorstel in: ze wil de door Van Oeckelen verwijderde achterwand van Schnitger reconstrueren, zodat onder meer de hoofdwerkwindladen van Van Oeckelen verdwijnen moeten. De gemeente handhaaft in 1998 de verleende vergunning. De ambtelijke commissie onderzoekt de bezwaren van onder meer de Stichting tot Bescherming van het hoofdorgel in de Der Aa-kerk; de commissie adviseert de gemeente de vergunning te handhaven. Volgens de 'waardenstelling' van de Monumentenwet staat in de Der Aa-kerk een 'Orgel met rugpositief, in 1702 door A. Schnitger gebouwd voor de Minderbroederskerk en in 1814 hierheen overgebracht; rijk gesneden orgelkas op zuilen en met portaal eronder, gedateerd 1702.' Deze beschrijving is de juridische basis voor het besluit om de vergunning te handhaven: omdat de Van Oeckelen-onderdelen niet expliciet zijn genoemd in de Monumentenwet, mag de gemeente dit besluit nemen. Het orgel zal na restauratie weer betrouwbaar functioneren. Het is zeer jammer dat er zoveel materiaal van Van Oeckelen zal verdwijnen. Rudi van Straten, adviseur van de stichting, wijst er evenwel op dat alle materiaal van 1831-en-ouder bewaard blijft en dat zoveel mogelijk delen uit 1858 ook worden gehandhaafd. De Stichting tot Bescherming van het hoofdorgel in de Der Aa-kerk is bij de Arrondissementsrechtbank van Groningen tegen de vergunningverlening in beroep gegaan.